แหล่งที่มารายได้ของกองทุนพัฒนาน้ำบาดาล แบ่งออกเป็น  2 ประเภท คือ

          1. การจัดเก็บค่าใช้น้ำบาดาลจากผู้ใช้น้ำบาดาล โดยนำส่งเข้ากองทุนพัฒนาน้ำบาดาล 50% และนำส่งเข้าเป็นรายได้งบประมาณแผ่นดินอีก 50%

          2. การจัดเก็บค่าอนุรักษ์น้ำบาดาล ในพื้นที่เขตวิกฤตการณ์น้ำบาดาล 7 จังหวัด ได้แก่ กรุงเทพมหานคร นนทบุรี ปทุมธานี อยุธยา สมุทรปราการ สมุทรสาครและนครปฐม โดยนำส่งเข้ากองทุนพัฒนาน้ำบาดาล 100%

***รายได้ดังกล่าวจะนำมาเป็นทุนในการศึกษา วิจัย และพัฒนาทรัพยากรน้ำบาดาลต่อไป