การจัดตั้ง กองทุนพัฒนาน้ำบาดาล หรือ "กพน." มีวัตถุประสงค์ “เพื่อเป็นทุนใช้จ่ายในการศึกษา วิจัย พัฒนา และอนุรักษ์แหล่งน้ำบาดาลและสิ่งแวดล้อม” ตามพระราชบัญญัติน้ำบาดาล พ.ศ. 2520 ซึ่งแก้ไขเพิ่มเติมโดยพระราชบัญญัติน้ำบาดาล (ฉบับที่ 3) พ.ศ. 2546 ซึ่งให้ใช้จ่ายเพื่อการศึกษา สำรวจ วิจัย ช่วยเหลือ อุดหนุน ทดแทน และวางแผนแม่บทเพื่อการพัฒนาและอนุรักษ์แหล่งน้ำบาดาลและสิ่งแวดล้อม

ทั้งนี้ ที่ผ่านมากองทุนพัฒนาน้ำบาดาลได้สนับสนุนทุนให้กับหน่วยงานภาครัฐและภาคเอกชน ดำเนินโครงการต่าง ๆ ที่สามารถนำไปขยายผลการดำเนินงานให้เกิดประโยชน์ต่อประชาชนและประเทศชาติ