การสนับสนุนการดำเนินโครงการของกองทุนพัฒนาน้ำบาดาล จะต้องดำเนินการภายใต้มาตรา 7 เบญจ แห่งพระราชบัญญัติน้ำบาดาล พ.ศ. 2520 และแก้ไขเพิ่มเติมโดยพระราชบัญญัติน้ำบาดาล (ฉบับที่ 3) พ.ศ. 2556 ที่กำหนดว่า เงิน กพน. ให้ใช้จ่ายเพื่อกิจการ ดังต่อไปนี้

             ​1. การศึกษา สำรวจ วิจัย และการวางแผนแม่บทเพื่อการพัฒนาและอนุรักษ์แหล่งน้ำบาดาล

             2. การช่วยเหลือและอุดหนุนกิจการใด ๆ ที่เกี่ยวกับการทดแทนและอนุรักษ์แหล่งน้ำบาดาล

             3. ค่าใช้จ่ายในการบริหาร กพน. ตามที่ตกลงกับกระทรวงการคลัง

             4. ค่าใช้จ่ายในการจ้างเอกชนจัดเก็บค่าใช้น้ำบาดาลและค่าอนุรักษ์น้ำบาดาล

                    ทั้งนี้ การใช้จ่ายเงินของกองทุนพัฒนาน้ำบาดาลให้เป็นไปตามแผนแม่บทเพื่อการพัฒนาและอนุรักษ์แหล่งน้ำบาดาลและสิ่งแวดล้อม และการขอรับงบประมาณสนับสนุนจากกองทุนพัฒนาน้ำบาดาลต้องจัดทำเป็นโครงการและได้รับอนุมัติจากคณะกรรมการบริหารกองทุนพัฒนาน้ำบาดาล