ภารกิจหลักของกองทุนพัฒนาน้ำบาดาล มีดังนี้

1. บริหารกองทุนพัฒนาน้ำบาดาล เพื่อใช้ในการศึกษา วิจัย พัฒนา และอนุรักษ์แหล่งน้ำบาดาลและสิ่งแวดล้อม และบริหารการใช้จ่ายเงินกองทุนพัฒนาน้ำบาดาลให้เป็นไปตามแผนแม่บทเพื่อการพัฒนา และอนุรักษ์แหล่งน้ำบาดาลและสิ่งแวดล้อม รวมทั้งช่วยเหลือและอุดหนุนกิจการใด ๆ ที่เกี่ยวกับการทดแทนอนุรักษ์แหล่งน้ำบาดาล

2. จัดทำแผนงานโครงการ งบประมาณการใช้จ่ายเงินกองทุนพัฒนาน้ำบาดาล ให้เป็นไปตามวัตถุประสงค์ในการจัดตั้งกองทุนพัฒนาน้ำบาดาล

3. กำกับ ดูแลทรัพย์สิน และพัฒนาบุคลากรของกองทุนพัฒนาน้ำบาดาลให้เกิดประโยชน์และมีศักยภาพ

4. กำกับ ดูแล และตรวจสอบการใช้จ่ายเงินกองทุนพัฒนาน้ำบาดาล ให้เป็นไปตามวัตถุประสงค์และควบคุม ติดตามการนำเงินรายได้เข้ากองทุนพัฒนาน้ำบาดาล ของพนักงานน้ำบาดาลประจำท้องที่ทั่วประเทศ ให้มีประสิทธิภาพ

5. ติดตามและประเมินผลงานโครงการที่ใช้จ่ายเงินกองทุนพัฒนาน้ำบาดาล ให้เป็นไปอย่างมีประสิทธิภาพ และประสิทธิผล

6. ปฏิบัติหน้าที่ฝ่ายเลขานุการในคณะกรรมการบริหารกองทุนพัฒนาน้ำบาดาล ตามพระราชบัญญัติ น้ำบาดาล พ.ศ. 2520

7. ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย